La FMCI est administrée par un bureau national composé de membres élus tous les trois ans par l'Assemblée Générale Ordinaire Elective et des membres de droit. Ces derniers sont les présidents des associations régionales, sectorielles et collèges. Au besoin pertinent, le Bureau national s’adjoint des membres dits « cooptés ».

La répartition des principales fonctions actualisée suite à l’Assemblée Générale Ordinaire du 26 mars 2018 est comme suit :

Fonction Responsable
Président Nabil BENAZZOUZ
Vice-Présidents Hicham SLIMANI
Abdellatif BERRADA
Secrétaire Général Mohamed JALIL
Trésorier Abdelilah BELMAHJOUB